研究結果1.采集3例肺結核患者和3個正常人的全血樣品進行全轉錄組測序，篩選發現170個circRNA的表達量發生了性變化。2.在20例患者中對6個circRNA的表達進行驗證，結果與全轉錄組一致。，差異表達circRNA在一些免疫通路如MAPK信號傳導通路、中的內吞作用通路出現富集。4.構建肺結核中miRNA介導的circRNA-mRNA的相互網絡，即ceRNA調控網絡。參考文獻ZhangX,ZhuM,YangR,(69):113571-113582.(IF:)常見問題1.全轉錄組測序和circRNA測序建庫區別是什么？全轉錄組測序主要通過去除rRNA，構建鏈特異性文庫，測序文庫中保留了mRNA、lncRNA和circRNA的信息。circRNA測序在建庫過程中去除rRNA和消化去除線性RNA，特異富集circRNA。相對于全轉錄組測序，circRNA測序建庫可以獲得更多的circRNA信息。2.全轉錄組測序和circRNA測序這兩種方案如何選擇？如果希望通過一次測序，獲得更多類型的RNA信息，建議選擇全轉錄組測序。全轉錄組測序可以獲得mRNA、lncRNA、circRNA三種類型的RNA信息。但由于建庫方式的差異和測序數據量的限制，全轉錄組測序所獲得的circRNA類型通常比circRNA測序要少。如果研究目的只關注circRNA，那么建議選擇circRNA測序。對circRNA單獨測序。快速高效的制備NGS測序?轉錄組測序。上海空間轉錄組測序分析報告

聚類分析（Hierarchical Clustering)用于判斷差異基因在不同實驗條件下的表達模式，因此可以用于根據樣品的表達譜進行聚類，當樣品之間重復性較好的情況下樣品通常會分在一個子群內，如果樣品間重復性較差則可能層次聚類會呈現無規則的聚類形式。此外，還可通過將表達模式相同或相近的基因聚集成類，從而識別未知基因的功能或已知基因的未知功能，同類基因可能具有相似的功能或共同參與同一代謝過程。除了聚類還可以利用主成分分析的方法將樣品表達譜進行降維處理，在通過其主成分的得分將樣品呈現在二維或三維上海空間轉錄組測序分析報告如果要做轉錄組測序服務找融享生物。

無參轉錄組和有參轉錄組的區別？按照有參或者無參進行轉錄組分析，取決于基因組的質量、所研究物種與參考基因組的比對效率。如果所研究的物種有組裝注釋質量較好的基因組，并且樣本與該參考的基因組近緣使得的序列比對的效率較高，那么可以采用有參轉錄組的分析策略進行分析。反之，則需要按照無參轉錄組的分析策略的使用例如Trinity等進行轉錄本組裝，構建的unigene庫，然后進行后續分析。無參轉錄組和有參轉錄組的區別就在這里，

通過對以上這些實驗設計因素的控制后通過測序就得到了測序數據。我們還需要對原始數據(RAW data)進行質控，包括對低質量的測序數據的去除，接頭序列的去除，rRNA序列的去除等。經過質控過濾后得到的數據(clean data)才能進行后續的分析。同時，也可以通過堿基分布、Q20、Q30、rRNA比例等指標初步判斷測序質量好壞。至此，我們得到的clean data就可以進行真正的轉錄組學分析，來解決我們的實際的生物學問題了。那么需要經過哪些分析流程呢？又可以拿到哪些分析結果呢？轉錄組怎么做就找融享生物。

是否構建鏈特異性文庫？另一個重要的因素就是測序數據量的大小（即測序深度）。但是比較好的測序數據量并沒有一個固定的值，而會因為目標轉錄組的復雜度的不同而不同。一些人認為5M的mapped reads足夠對轉錄組中的中度及高度表達的轉錄本進行精確定量了。但是對低豐度的轉錄本的定量則需要更高的測序深度，而過高的測序深度所帶來的轉錄本的噪聲也可能影響定量的準確性。在對轉錄組的整體評估中，飽和曲線可以較好的評估測序深度是否合適。融享生物轉錄組測序優勢 報告精細解讀、極速周期、實驗輔助設計，模塊報價。上海空間轉錄組測序分析報告

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區域的大小:比對到該區域的MappedReads在所有MappedReads中所占的百分比。理論上，來自成熟mRNA的Reads應比對到外顯子區。Reads比對到內含子是由于mRNA前體和發生可變剪切的內含子保留;Reads比對到基因間區是基因組注釋不完善導致的結果。因此為了更好的驗證這些非編碼區域對mRNA的影響，我們將基因間的區域分為轉錄起始位點上游1kb范圍內的reads、轉錄起始位點上游5kb范圍內的reads和轉錄起始位點上游10kb的reads;同理轉錄終止位點下游1kb范圍內的reads、轉錄終止位點下游5kb范圍內的reads和轉錄終止位點下游10kb的reads。上海空間轉錄組測序分析報告