轉錄組測序實驗流程。文庫構建完成后,對文庫質量進行檢測,檢測結果達到要求后方可進行上機測序,檢測方法如下:(使用Qubit2.0進行文庫的初步定量..............利用Agilent2100對文庫的insertsize進行檢測,insertsize符合預期后才可進行下一步實驗。。(Q-PCR方法對文庫的有效濃度進行準確定量(文庫有效濃度>2nM),完成。庫檢。上機測序庫檢合格后,不同文庫按照目標下機數據量進行 pooling,利用 Illumina HiSeq 平臺進行測序。。轉錄測序技術服務靠譜公司上海融享生物科技有限公司多年技術服務經驗更放心。上海DNA轉錄組測序學
轉錄組測序數據飽和度檢驗為了評估數據是否充足并滿足后續分析,對測序得到的基因數進行飽和度檢測。由于一個物種的基因數目是有限的,且基因轉錄具有時間和空間特異性,因此隨著測序量的增加,檢測到的基因數目會趨于飽和。對于表達量越高的基因,越容易被檢測定量。因此,對于表達量越低的基因,需要更大的數據量才能被準確定量。使用各樣品的MappedData,對檢測到的不同表達水平基因的飽和情況進行模擬,繪制曲線圖如下,可查看隨著測序數據量的增加,檢測到的不同表達水平的基因數目是否趨于飽和。上海DNA轉錄組測序學轉錄組測序,提供更精確的數字化信號,更高的檢測通量以及更多的檢測范圍。
測序質量控制在進行數據分析之前,首先需要確保這些Reads有足夠高的質量,以保證后續分析的準確。所以要對數據進行嚴格的質量控制,經過一系列的質量控制之后得到的高質量的CleanData,數據過濾方式如下:去除含有接頭的Reads;,去除低質量的Reads(包括去除N的比例大于10%的Reads;去除質量值Q≤10的堿基數占整條Read的50%以上的Reads)。注:Primer/Adapter contaminated:過濾掉的含有接頭Reads數占總Raw Reads數的比例; High quality filtered reads:過濾掉的高質量Reads數占總Raw Reads數的比例;Low quality reads:過濾掉的低質量Reads數占總Raw
轉錄組(transcriptome)廣義上指某一生理條件下,細胞內所有轉錄產物的,包括信使RNA、核糖體RNA、轉運RNA及非編碼RNA;狹義上指所有mRNA的。蛋白質是行使細胞功能的主要承擔者,蛋白質組是細胞功能和狀態的較直接描述,轉錄組成為研究基因表達的主要手段,轉錄組是連接基因組遺傳信息與生物功能的蛋白質組的必然紐帶,轉錄水平的調控是目前研究較多的,也是生物體較重要的調控方式。轉錄組測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有RNA的總和,主要包括 mRNA和非編碼RNA 。轉錄組研究是基因功能及結構研究的基礎和出發點,通過新一代高通量測序,能夠多面快速地獲得某一物種特定組織或在某一狀態下的幾乎所有轉錄本序列信息,已廣泛應用于基礎研究、臨床診斷和藥物研發等領域。真核轉錄組測序服務找融享生物 真核無參轉錄組測序+真核有參轉錄組測序 。
全轉錄組測序 通過全轉錄組測序可快速的獲取某一條件下組織或細胞中大部分轉錄本的表達情況。與常規轉錄組測序相比,全轉錄組測序可以同時獲得mRNA、lncRNA和circRNA三種類型的RNA信息。 歐易特色 豐富的建庫經驗,過硬的建庫質量 10余年文庫構建技術沉淀,具備處理復雜樣品的能力和豐富的建庫經驗 具有特色的高級分析 lncRNA調控機制預測,lncRNA和mRNA的共表達分析,lncRNA、mRNA和circRNA的聯合分析等 結合客戶的需求,靈活進行定制化信息分析 推薦測序模式 Hiseq4000,PE150 一般測序:10 Gb/樣本 深度測序:20 Gb/樣本 案例展示 案例一 鑒別肺結核中circRNA的表達特征及構建ceRNA調控網絡 研究背景 肺結核(PTB)是由結核桿菌引起的慢性疾病,對人類健康構成嚴重威脅。circRNA被認為在許多疾病的發病機理和發展過程中具有潛在的調控作用,然而,PTB中circRNA的表達模式和調控機理仍有待于研究。 技術路線 ceRNA調控網絡 研究內容 歐易生物攜手蘇州大學生物與基礎醫學學院,通過全轉錄組測序探究肺結核中circRNA的表達特征。作者闡明了肺結核中circRNA的表達特征,通過GO和KEGG富集分析對circRNA進行了功能富集分析,構建了肺結核中circRNA的ceRNA調控網絡。 哪里有可以微量建庫轉錄組測序公司-融享生物微量建庫更專業。上海DNA轉錄組測序學
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如果需要對特定基因進行及相關調控元件進行繪圖及展示,可以使用 UCSC 的 基因組瀏覽器。該在線應用工具是由 University of California Santa Cruz (UCSC)) 創立和維護的,該站點包含有人類、小鼠和大鼠等多個物種的基因組草圖,并提供一系列的網頁分析工具。站點用戶可以通過它可靠和迅速地瀏覽基因組的任何一部分,并且同時可以得到與該部分有關的基因組注釋信息,如已知基因,預測基因, 表達序列標簽,信使 RNA,CpG 島,克隆組裝間隙和重疊,染色體帶型,小鼠同源性等。用戶也可以因為教育或科研目的加上他們自己的注釋信息。UCSC Genome Browser 目前應用相當多面,比如 Ensembl 就是使用它的人類基因組序列草圖為基礎的。上海DNA轉錄組測序學