ITS1 或 ITS2 究竟哪
個片段能更好地反映群落組成仍存有爭議。
ITS1 通常比 ITS2 短,對物種分辨率低一些,但是
擴增和測序錯誤也低一些;ITS2 分辨率高,但是測
序的誤差會增加 OTU 的數量。研究表明,在不同
的生態環境和群落復雜性下,ITS1 和 ITS2 測序結
果反映的群落組成既存在一致性,也存在差異性。
例如,在部分土壤和外生菌根群落研究中,
ITS1 和 ITS2 呈現出了相似的結果;而在部分土壤
和人類腸道群落研究,ITS1 和 ITS2 的結果則
存在差異。我們的結果表明,針對 ITS2 片段的
擴增引物覆蓋度均高于針對 ITS1 片段的擴增引物。
總之,這些結果表明,群落結構研究所關注的
標記基因片段和引物選擇尚未標準化。 上海融享生物科技有限公司專業致力于16s 測序。江西環境微生物16S測序機構哪家好
傳統的微生物鑒定方法,主要通過將微生物培養后依據形態學、生理生化反應、生態學特征等進行鑒別。 Orji 等指出這種方法只能檢測出約 1%的重要病原菌,而利用宏基因組學、高通量測序、系統發育樹分析等
技術,自然界中 的致病菌都能得到研究。隨著基因測序技術的發展,16S rDNA 擴增子測序技術的應用
越來越,已成為研究大氣、水、油井等環境樣品中細菌群落結構的重要手段。采用高通量測序技術對樣本 16S rDNA 片段進行測序,可以獲得準確的序列信息和更大的數據量,從而 在后續分析中獲得更加深入、和可靠的結果。 江西環境微生物16S測序機構哪家好對于不同的需求我們選擇不同的16s 18S ITS 測序。
用下一代測序技術(next generation sequencing,NGS)測定
16S/18S/ITS 某個可變區的序列,可以反映環境樣
品在細菌、、古菌等組成的微生物群落之間的
差異,對研究海洋、土壤、宿主等不同環境中的
微生物群落組成及動態變化有重要的指導作用,同
時也是系統發育和分類學研究中一種使用的方法。
ITS 的保守型表現為種內相對一致,種間差異較明
顯,能夠反映出種屬間甚至菌株間的差異。此外,
ITS 序列片段較小(ITS1 和 ITS2 長度分別為 350 bp
和 400 bp 左右,但不同物種之間存在一定差異),
易于分析。也就是說,ITS 具有更高的擴增和測序
成功率以及分類學分辨率,目前已被應用于真
菌不同種屬的系統發育分析。
16S~23SrRNA 基因間區不但可以用于菌種間的鑒別,還 可
以用來分辨16SrRNA 基因不能鑒別的非常接近的菌種和種
內 菌 株,是 16SrRNA 基因分析很好的補充。金 中 淦
等利用16SrRNA、16S~23SrRNA 基因對主要血流
病原菌進行檢測比較后認為在細菌鑒定中,16S~23SrRNA
可作為比16SrRNA 基因更好的分子靶標,可 以 在24h內 將
病原菌的種類報告給臨床醫生。Zhu等的 研 究 表 明16S~
23SrRNA 基因分析 可 以 將16SrRNA 序 列 同 源 性 達97%的
兩株黏質沙雷菌區分開。根據16S~23SrRNA 基因間區兩端
被高 度 保 守 的rRNA 所包圍的結構特點,可 利 用 其 兩 端 16S
rRNA 及23SrRNA 保守區設計通用引物作上、下 游 引 物,特
異性擴增特定細菌 的16S~23SrRNA 基 因 間 隔 區,根 據 片 段
數目、長度、序列的多態性或測序來鑒別微生物。 上海融享生物科技有限公司主營測序包括16s 18S ITS 價格優惠。
在過去的十幾年中,下一代測序(NGS)技術被用于探索各種生態系統中微生物群落的多樣性和組成結構,對研究海洋、土壤、宿主等環境中的微生物構成有重要的指導作用,同時也是系統發育和分類學研究中一種使用的方法,特別是應用于不同的環境宏基因組學樣本中隨著高通量測序技術的不斷發展和參考數據庫的不斷更新,利用核糖體操縱子作為 DNA 標記可以揭示不同生態系統中的微生物多樣性和組成。采用第二代高通量測序平臺測定的16S/18S/ITS某個高變區域的序列,可以反映環境樣品在細菌、、古菌等分類方面物種之間的差異。然而,針對不同的環境樣本,引物的選擇和實驗過程仍然需要更細致的驗證。
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原 核 生物的rRNA 有3類:5SrRNA、16SrRNA 和23SrRNA,其 編
碼基因(rDNA)長度依次為120、1540及3300個 核 苷 酸。它
們位于同一操縱子序列中,但被一些間隔區域所分開,從5′~
3′端 依 次 是:16S、間 隔 區、tRNA、間 隔 區、23S、間 隔 區 和 5S
rRNA[2],一個操縱子進行轉錄后處理成為成熟的16S、23S和
5SrRNA。rRNA 結構既具保守性又具高變性,保守性反 映 生
物物種的親緣關系,高變性則揭示生物物種的特征核酸序列,
是屬種鑒定的分子基礎。因此,可以利用保守區設計通用引
物擴增細菌的相應靶序列,再利用可變區的差異鑒別菌種。其
中以16SrRNA 基因及16S~23SrRNA 基因間區在細菌鑒定
中的應用較為成熟。 江西環境微生物16S測序機構哪家好