RT-PCR逆轉錄中模板的選擇:在RT-PCR實驗中,選擇總RNA或純化的mRNA作為模板進行逆轉錄十分重要。mRNA雖然能提供略高的靈敏度,但總RNA經常使用,具有較mRNA更重要的優勢。首先,其過程需要較少的純化流程,這保證了更好的回收模板和更好的把結果標準化為起始的細胞數。第二,避免mRNA富集步驟,為了避免不同mRNA的回收率而帶來結果偏移的可能性。總之,在大多數的應用中,目標基因的相對定量比檢測的非常靈敏度更重要,因此在多數情況下,總RNA更適用。逆轉錄是許多病毒復制中必不可少的步驟。反轉錄報價
大多數逆轉錄酶都具有多種酶活性,主要包括以下幾種活性。①DNA聚合酶活性;以RNA為模板,催化dNTP聚合成DNA的過程。此酶需要RNA為引物,多為賴氨酸的tRNA,在引物tRNA3'-末端以5'→3'方向合成DNA。反轉錄酶中不具有3'→5'外切酶活性,因此沒有校正功能,所以由反轉錄酶催化合成的DNA出錯率比較高。②RNaseH活性;由反轉錄酶催化合成的cDNA與模板RNA形成的雜交分子,將由RNaseH從RNA5'端水解掉RNA分子。③DNA指導的DNA聚合酶活性;以反轉錄合成的首先條DNA單鏈為模板,以dNTP為底物,再合成第二條DNA分子。廣州加尾法逆轉錄報價逆轉錄技術可以進行從RNA到DNA的轉化,從而保護RNA序列的完整性。
逆轉錄常見問題及解決方法之RNA濃度不高:a)、原始組織樣本或細胞量太少:提高加入量。b)、RNA發生降解:如果使用者確定提取RNA的試劑/器具沒有問題,RNA的降解通常發生在樣品破碎/勻漿階段。有兩個辦法可以徹底抑制內源RNase活性:1.立即加入裂解液并且徹底而迅速地勻漿。這只適合培養細胞及內源RNase含量較低的并且較容易勻漿的組織,2.對于內源RNase含量高或不易勻漿的組織,如肝臟、胰腺、脾臟、肌肉等,或植物組織,需要切成小塊后立即投入液氮冷凍,再按說明進行破碎/勻漿。c)、加入異丙醇后室溫沉淀10min或-20C冰沉淀30min即可,無需過夜沉淀。
反轉錄酶的選擇:反轉錄酶(Reversetranscriptase)又稱逆轉錄酶。是以RNA為模板指導dNTP合成互補DNA(cDNA)的酶。一部分反轉錄酶具有RNA酶活性,能夠在轉錄后降解RNA-DNA雜交鏈中的RNA鏈。如果反轉錄酶沒有Rnase酶活性,可加入RNaseH來獲得更高的qPCR效率。常用的酶包括Money鼠白血病病毒(MMLV)反轉錄酶和禽成髓細胞瘤病毒(AMV)反轉錄酶。依據RT-PCR,理想的狀態下是選擇具有較高熱穩定性的反轉錄酶,cDNA的合成才能在較高的溫度下進行,確保成功轉錄具有較高二級結構的RNA,并確保在整個反應過程中的全部活性,從而得到質量更高的cDNA。逆轉錄PCR反應過程中要注意反應管中溶液面積不宜過高,避免泡沫問題。
逆轉錄實驗的準備工作:1、實驗器具與材料:(1)移液頭:200ul、10ul;(2)吸頭:200ul、20ul;(3)EP管1。5ml、100ul;(4)水浴箱。2、實驗器具的處理與準備,塑料制品:(包括吸頭、EP管等)將塑料制品逐個浸泡于1‰DEPC水中(必要時小頭頭需要用吸管打入DEPC水)37℃過夜,然后送至高壓3次,后在80℃烘烤箱中烘干(或置于37℃中8小時左右烘干),試驗前將頭頭放入吸頭臺。3、試劑配制和準備:(1)DEPC水:泡實驗器具的DEPC水的配制:1000ml雙蒸水中加1mlDEPC,放在1000ml容量瓶中靜置4小時后備用。逆轉錄中所用的DEPC水的配制:100ml鹽水瓶內裝40ml雙蒸水,加40ulDEPC,37℃過夜,送至高壓,后分裝到幾個1。5mlEP管中,-20℃中保存備用。(2)RT中所需要的各種試劑。逆轉錄過程中的缺陷會導致錯誤擴增和偏差。反轉錄報價
逆轉錄實驗相關關器材如逆轉錄儀需經常檢查,以保證反應可靠性。反轉錄報價
RT-PCR逆轉錄引物設計原則:1.上下游引物要保守:擴增子長度需選擇一段保守片段(100-200bp)進行PCR擴增,選擇片段需跨越內含子,因內含子的基因組DNA序列不會被擴增,也可減少從污染的基因組DNA中擴增得到的假陽性風險。引物選取同樣需要保守。2.引物長度和Tm值:引物設計長度為18-25bp,Tm值在50-65℃之間,引物中GC含量在40-60%。設計引物時盡量避免出現4個或超過4個G堿基。RT-PCR實驗陰性對照:反轉錄陰性對照應包括在所有的RT-PCR的實驗中,用來檢測DNA是否污染(如基因組DNA或PCR產物)。該對照所指不加反轉錄酶,通過反轉錄過程得到cDNA在進行熒光定量PCR檢測。如檢測到擴增,則樣本中可能含有基因組DNA污染。反轉錄報價
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