三格化糞池可分為鋼筋混凝土和磚砌兩種結構。主要由便池蹲位、連通管和分成三個相互連通格室的密封糞池組成。其中池主要起截留糞渣、發酵和沉淀蟲卵作用；第二池起繼續發酵作用；第三池主要起發酵后糞液的貯存作用。根據三個小室的主要功能依次命名為截留沉淀與發酵池、再次發酵池和儲糞池。三池由連通管相連通。連通管形式多樣，有倒U形、倒L形及直接斜插連通管等形式。還有直接開孔形式。

直接開孔建造簡單，不易堵塞。但衛生效果差。連通管安裝位置要得當。大三格化糞池可適當增加連通管數量，以防堵塞。連通管以水泥預制、陶管或PVC塑料管居多。在池和第三池上方分別設有清渣口和出糞口。自第三池出糞口流出的糞液已經基本上不含寄生蟲卵和病原微生物，可供農田直接使用。